ISE Andalucía gestiona la contratación de las empresas que prestan el servicio de transporte escolar gratuito al alumnado de centros públicos que están obligados a desplazarse por cursar enseñanzas que no se imparten en sus localidades de residencia. El servicio, inicialmente centrado en la educación obligatoria, se extendió en el curso 2008/2009 al Bachillerato y a la Formación Profesional y en el curso 2009/10, al segundo ciclo de Infantil.
Además de garantizar esta prestación gratuita, la Junta concede ayudas individualizadas al alumnado de aquellas enseñanzas que, por su especificidad y dificultad de generalización (Bachillerato de Artes y determinados ciclos de FP), se impartan en centros docentes públicos alejados de sus localidades y donde no es posible ofrecer servicio de transporte.